遇到知网查重时目录有错误的情况，首先要仔细检查论文中的目录内容，确保每一项的格式、编号、标题等都符合要求。其次，可以尝试重新上传论文，有时候是因为上传过程中出现了错误导致目录问题。如果问题仍然存在，建议联系知网客服寻求帮助，他们会提供针对性的解决方案。另外，也可以尝试清除浏览器缓存或更换浏览器再次操作，有时候这也能解决一些目录错误的情况。

解决知网查重时目录有错误的问题需要一定的耐心和细心。除了检查论文内容和重新上传外，还可以尝试将论文导出为不同格式再重新上传，有时候可以规避一些目录错误。另外，确保网络连接稳定也是很重要的，避免在上传过程中出现中断导致目录错误。总的来说，解决方法包括检查论文内容、重新上传、联系客服、清除缓存、更换浏览器、导出不同格式等，综合利用这些方法可以有效应对知网查重时目录错误的情况。